Nanoknife niszczy komórki nowotworowe za pomocą bardzo krótkich, mikrosekundowych, impulsów prądu elektrycznego o wysokim napięciu. Impulsy te przepływają pomiędzy elektrodami (cienkimi igłami) umieszczonymi w ściśle wyznaczonym obszarze w okolicy guza. Zastosowanie w urządzeniu Nanoknife techniki nieodwracalnej elektroporacji (irreversible electroporation -IRE) powoduje trwałe i nieodwracalne otwarcie porów w błonie komórkowej, prowadząc do jej zwiększonej przepuszczalności, a w efekcie do obumarcia komórek nowotworowych, które w sposób naturalny usuwane są z organizmu przez układ chłonny człowieka .Oddziaływanie Nanoknife występuje na poziomie komórkowym dlatego w przypadku tego urządzenia mówimy o nanotechnologii.

Aparatura Nanoknife wykorzystująca innowacyjną metodę miejscowej, nietermicznej ablacji wysyła impulsy elektryczne, które oddziaływują tylko na chore tkanki i powodują wybiórcze likwidowanie tylko komórek nowotworowych bez uszkodzenia naczyń krwionośnych, mięśni i nerwów. Właśnie dlatego, w odróżnieniu od innych metod niszczenia guzów (ablacji), dzięki systemowi Nanoknife, możemy rozszerzyć możliwości leczenia pacjentów, którzy nie zostali zakwalifikowani do operacji, ze względu na umiejscowienie zmian nowotworowych w bliskim sąsiedztwie ważnych struktur anatomicznych.